Theodor Hermann Meynert wurde am 15. Juni 1833 in Dresden, Deutschland geboren. Der Vater Hermann Günther Meynert war Schriftsteller, Theaterkritiker und Historiker, die Mutter Marie geborene Emmering war vor ihrere Heirat Sängerin an der Dresdner Oper. 1836 übersiedelte die Familie nach Wien, wo der Vater als Publizist für die "Wiener Allgemeine Theaterzeitung" und in der Redaktion des "ÖLsterreichischen Soldatenfreunds" tätig war.
Der junge Theodor besuchte das Wiener Piaristengymnasium und begann danach das Medizinstudium an der Universität Wien, wo er schließlich 1861 promovierte. Der berühmte Pathologe Carl Freiherr von Rokitansky erkannte die Begabung Meynerts, förderte den jungen Studenten und habilitierte ihn dann 1865 für das Lehrfach "Bau und Funktion des Gehirns und Rückenmarks". Mit seiner Habilitation übernahm Meynert auch die Position eines Sekundararztes und Prosektors an der Niederösterreichischen Landesirrenanstalt (Wien gehörte damals noch zu Niederösterreich) und trug fortan auch den Titel Hofrat. Im Jahr 1868 wurde die Lehrberechtigung auch auf Psychiatrie erweitert, 1870 wurde er Direktor und ausserordentlicher Professor der Wiener Psychiatrischen Klinik, die extra für ihn geschaffen worden war und 1873 schließlich ordentlicher Professor der Psychiatrie an der Universität Wien. Es dauerte jedoch noch zwölf Jahre bis sein Wunsch nach einer fachlich ergänzenden Abteilung für Nervenkranke an seiner Klinik erfüllt wurde.
Unter Meynert wurde die Wiener Schule zu einem ernstzunehmenden konkurrierenden Faktor im europäischen Vergleich (wie etwa Salpêtrière in Paris oder Queen's Square in London). So gut Meynerts Ruf als Forscher war, so umstritten war seine Begabung als Lehrer. Sei's wie es sei: Meynert galt neben Paul Flechsig in Leipzig als der führende europäische Neuroanatom. Sigmund Freud, Auguste Forel und Carl Wernicke studierten bei oder arbeiteten unter ihm.
Meynerts Bezug zu Klosterneuburg ergab sich vor allem aus seiner Beziehung zu Johanna Fleischer, einer Klosterneuburgerin, die er noch während seines Studiums kennen und lieben lernte. Von ihr wird berichtet, sie hätte den anfänglichen Bummel-Studenten auf den richtigen Weg zu einem erfolgreichen Studium gebracht. Johanna war das zweite Kind des stiftlichen Grundbuchführers Johann Fleischers und dessen Frau Karoline geb. Preisecker (mit bayrischen Ursprüngen). Die Familie bewohnte "das kleine ebenerdige Haus Leopoldstraße 34 gegenüber der Kaserne" wie die älteste Tochter, Dora Stockert-Meynert in der Biographie ihres Vaters schreibt. Der Ehe zwischen Johanna Fleischer und Theodor Meynert entstammten 3 Kinder: Karl (geb. 28. 1. 1868), Theodora Maria Johanna (geb. 5. 5. 1870) und Johanna, die Jüngste (geb. 7. 4. 1871).
Am 25. Juli 1882 hatte Meynert seine zweite Ehe in Laibach (Ljubljana, Slowenien) mit Natalia Magdalena Freiin von Grimschitz , Witwe nach Schulz von Straßnitzki, geschlossen. Ihre Familie stammte aus sehr altem österreichischen Adel und Natalia war eigentlich Venezianerin. Sie hatte sich aufopfernd für ihren langsam im Wahnsinn dahinsiechenden ersten Mann Leopold Schulz von Straßnitzky eingesetzt. Dieser ehemals hohe Beamte war Patient des berühmten Psychiaters Meynert und so hatten sich die Freifrau und der Arzt kennen und achten gelernt. Natalia von Grimschitz dürfte wirklich eine aussergewöhnliche Frau gewesen sein. Sie konnte den geistigen Höhenflügen Meynerts jederzeit folgen und wurde von ihrer Stieftochter, der Schriftstellerin Dora Stockert-Meynert geradezu schwärmerisch verehrt. Das gemeinsame Glück in der Familie Meynert hielt leider nur relativ kurze Zeit an. Am 30. 5. 1892 starb Theodor Meynert, nachdem er die Auswirkungen seines schweren Leidens schon längere Zeit ertragen und energisch verdrängt hatte, an einem "organischem Herzfehler". Wie weit die schweren Schicksalschläge in seinem Leben zu diesem Herzproblem beitrugen, lässt sich nicht so genau abschätzen, doch dürften Ereignisse, wie der plötzliche Tod seiner jüngsten Tochter Christa (aus der Ehe mit Natalia), die kurz vor ihm jäh gestorben war, einiges damit zu tun haben. Natalia von Grimschitz nahm den Witwenstand sehr ernst. Sie trat in den III. Orden des Hl. Franziskus ein und widmete noch im Todesjahr ihrem verstorbenen Gatten ein Gedenkkreuz. 1892 stand es bereits auf dem Buchberg am Ende der heutigen Meynertgasse. In der Widmung schrieb sie: "Dem Gedenken des großen Psychiaters Theodor Meynert ließ Natalia Maria Grimschitz im Jahr 1892 dies Kreuz errichten."
- Die Bloßlegung des Bündelverlaufs im Großhirnstamme. ÖLsterreichische Zeitschrift für praktische Heilkunde 1865
- Der Bau der Großhirnrinde und seine örtliche Verschiedenheiten nebst einem pathologisch-anatomischen Korollarium. Leipzig 1868
- Vom Gehirn der Säugetiere. In Stricker: Handbuch der Lehre von den Geweben der Menschen und Tiere. 1869
- Klinik der Erkrankungen des Vorderhirns. 1884
- Klinische Vorlesungen über Psychiatrie. Wien 1890
- Gedichte. Veröffentlicht postum von Dora v. Stockert-Meynert, Wilhelm Braumüller, Wien und Leipzig 1905